Pasar Amerika Serikat dibekali mesin V6 3.5 liter DOHC yang sekaligus menjadi mesin terbesar dan paling bertenaga dalam sejarah Trooper.
Pada waktu yang sama, Acura mengalami upgrade mesin dan menggunakan juga mesin 3.5 liter ini.
Pasar Eropa dan Asia mendapatkan mesin diesel 4JG2.
Baca Juga: Tips Rawat SUV, Ini Dia Cara Mengganti Sekring di Mobil yang Benar
Mesin turbo diesel 3.1 liter ini dilengkapi dengan pilihan transmisi manual dan matik.
Di tahun ini pula pilihan mesin 3.0 liter 4JX1 turbodiesel diperkenalkan, namun mesin ini tidak begitu disukai karena banyak bermasalah.
Di tahun 2002 produksi Trooper dihentikan, namun khusus untuk Filipina produksinya berlanjut hingga 2005 dan menggunakan mesin 4JX1.