(Baca Juga : Isuzu Trooper 1988 Ini Gak Gampang Nyangkut)
Pada periode ini terjalin kerjasama antara Isuzu dan Honda.
Untuk pasar Jepang dikenal sebagai Honda Horizon yang diedarkan pada 1994 -1999, dan dikenal di Amerika Serikat sebagai Acura SLX (1996-1999).
Tahun 1998 dikenal sebagai tahun upgrade bagi Trooper.
Pasar Amerika Serikat dibekali mesin V6 3.5 liter DOHC yang sekaligus menjadi mesin terbesar dan paling bertenaga dalam sejarah Trooper.
Pada waktu yang sama, Acura mengalami upgrade mesin dan menggunakan juga mesin 3.5 liter ini.
(Baca Juga : Karena Suka Off-road Pakai Mobil Besar, Isuzu Trooper Ini Dibikin Melar)
Pasar Eropa dan Asia mendapatkan mesin diesel 4JG2.
Mesin turbo diesel 3.1 liter ini dilengkapi dengan pilihan transmisi manual dan matik.
Di tahun ini pula pilihan mesin 3.0 liter 4JX1 turbodiesel diperkenalkan, namun mesin ini tidak begitu disukai karena banyak bermasalah.
Di tahun 2002 produksi Trooper dihentikan, namun khusus untuk Filipina produksinya berlanjut hingga 2005 dan menggunakan mesin 4JX1.